Arrêté en mars 1999, le prophète Joseph Mukungubila va être incarcéré à l’immeuble de Groupe Litho Moboti (GLM, l’ancien chacot de Laurent Mzee Kabila) à Gombe avec l’un de ses codétenus, qui est aujourd’hui ministre des affaires, Christophe Lutundula.
Mis aux arrêts à Ankoro pour être reléguer à Manono, il sera condamné à mort par le général Mukalay, ex tigre de la gendarmerie katangaise.
Le Prophète était arrêté à cause de ses deux lettres ouvertes écrites en 1996 pour dénoncer l’agression rwandaise. Sauvé de justesse par Dieudonné, le petit frère de Mzee Laurent Kabila, qui était arrivé devant le bureau de la cité de Manono où le peloton attendait l’ordre du général Mukalay pour exécuter Mukungubila et ses 7 compagnons de souffrance.
Ce sont les ennemis de Mzee Laurent Kabila qui voulaient sa mort pour le simple fait que le prophète joseph Mukungubila avait soutenu les Forces Armées Congolaises ( FAC ) de FSIR contre les RCD-GOMA.
Faute des preuves, Jeannot Bemba, ministre de l’économie à l’époque était intervenu personnellement devant Mzée pour lui remettre les 2 lettres ouvertes qu’il avait écrites au gouvernement et au peuple congolais à propos de l’invasion rwandaise, dont particulièrement la dernière intitulée « MEPRISE TROP DANGEREUSE », mettant en garde les congolais contre l’invasion rwandaise.
En tant que ministre de la justice de Laurent Désiré Kabila, le défunt Monsieur Mwenze Kongolo avait pu ignorer que Joseph Mukungubila avait été arrêté en 1999 au motif fallacieux. Il sera contacté pour rétablir le droit et faire libérer le Prophète qui était innocent de toutes accusations mais Mwenze Kongolo exigera 3000 dollars américains pour qu’il intervienne personnellement dans le dossier. Le Prophète Mukungubila refusera de payer catégoriquement cette somme arguant que l’affaire était politique.
Il sera par contre relâché, sur décision de Laurent Désiré Kabila lui-même, après plusieurs mois de détention (de mars à août 1999). Voilà la raison pour laquelle toutes les assemblées de Dieu de partout dans le monde commémorent ce jour de la libération de l’homme de Dieu, l’homme de Kalemie Joseph Mukungubila Mutombo.